Các đơn vị trực thuộc Viện Công nghệ Y học Việt Nam gồm:

1. Trung tâm Nghiên cứu Y sinh Tế bào
   Chức năng: Thực hiện các nghiên cứu chuyên sâu về y sinh học, sinh học phân tử, tế bào học ứng dụng trong chẩn đoán và điều trị.

2. Trung tâm Ứng dụng Công nghệ Thẩm mỹ
   Chức năng: Nghiên cứu, phát triển và chuyển giao các công nghệ thẩm mỹ tiên tiến như laser, filler, botox, điều trị da chuyên sâu.

3. Trung tâm Đào tạo và Chuyển giao Công nghệ Y khoa
   Chức năng: Tổ chức các khóa đào tạo chuyên môn, chuyển giao kỹ thuật y khoa, cập nhật kiến thức cho đội ngũ bác sĩ, kỹ thuật viên và học viên ngành y.